許多企業會在工作規則中明定「加班必須事前申請並經主管核准」，這項制度本身可以作為公司管理工時的工具，但不能直接取代實際工作事實的認定。

依《勞動基準法》第24條，雇主使勞工延長工作時間，應依法給付延長工時工資；第30條也規定，雇主必須置備出勤紀錄、保存五年，並逐日記載至分鐘。勞動部訴願實務亦指出，勞工在約定工時外繼續工作，不能只因沒有提出加班申請，就一概否認延長工時。

例如主管在下班後持續交辦工作、明知員工留在公司處理公務，或透過通訊軟體要求員工即時回覆，都可能成為判斷實際工作時間的證據。

因此，公司除了設置加班申請流程，也應同步管理主管交辦方式，並定期核對打卡、門禁、電腦登入及工作通訊紀錄。發現異常工時時，應立即確認原因並留下處理紀錄。

真正能保護企業的，不是寫著「未申請不算加班」，而是公司確實掌握、管理並依法處理每一段工作時間。

法規依據：勞動基準法第24條、勞動基準法第30條、勞動部訴願決定